Le prime notizie riguardanti la chiesa e il convento di San Giovanni Battista in Paverano risalgono al 1118.
Nell’ottobre di quell’anno papa Gelasio II sbarcava a Genova, scortato da dieci galee fornitegli dai Consoli della città per proteggerlo dalle minacce dell’imperatore Enrico IV e dall’antipapa Gregorio VIII.
Durante il suo soggiorno genovese il pontefice ebbe occasione di consacrare solennemente non solo la nuova cattedrale di San Lorenzo, ma anche la piccola chiesa extraurbana sorta sul colle detto Paparianum o Pavarianum, nella valle del torrente Bisagno, zona rurale in parte selvaggia e in parte coltivata a vite.
Qui l’Ordine dei canonici regolari di Santa Croce, fondato nel 1083 da Adamo Mortara e stabilitosi a Genova verso il 1100 nel priorato di San Teodoro, decise di fondarne un altro, con sede appunto nella nuova chiesa dedicata a San Giovanni Battista. Il priorato mortariense di Paverano diede a sua volta origine nel 1182, alla chiesa di Nostra Signora del Monte, in seguito passata all’Ordine dei Frati Minori (metà XV secolo), i quali ne hanno tuttora il possesso.
Il priorato di Paverano salì a notevole importanza tra gli altri dello stesso ordine in Genova.
Nel 1158 chiesa e convento furono posti sotto la protezione della Sede Apostolica da papa Adriano IV.
L’epoca dei mortariensi a Genova si chiuse all’inizio del XV secolo, quando papa Martino V decise di annetterne le prepositure alla Congregazione dei Canonici Regolari di Laterano.
Tra il 1442 e il 1444, sotto papa Eugenio IV, il convento e la chiesa di San Giovanni Battista passarono ai canonici regolari di San Giovanni in Alga, che avevano la propria sede presso la chiesa della SS. Annunziata a Sturla.
Nel 1518 l’ex priorato divenne commenda, amministrata dal cardinale Lorenzo Fieschi, già Vice Legato Pontificio a Bologna per papa Leone X, il cui possesso gli fruttava 160 ducati l’anno: una somma rispettabile che il commendatario utilizzò come fondo per la cantoria della cattedrale.
Nel 1595 la proprietà passò al patrizio genovese Bernardo Oncia, a beneficio della Compagnia di Gesù che ne fece sede di un proprio noviziato.
Tra il 1656 e 1657, con lo scoppio della peste in città, il complesso di Paverano fu adibito a lazzaretto: tra i molti che vi si rinchiusero per prestare assistenza agli appestati e vi morirono per il contagio vi fu il nobile Giovanni Francesco Spinola, commissario del Magistrato di Sanità, che per sua volontà ebbe sepoltura nel lazzaretto.
Nel 1687 i Gesuiti vendettero il complesso ai Padri Scolopi dell’Ordine delle Scuole Pie, i quali vi installarono un proprio noviziato. Con la soppressione degli ordini religiosi durante il periodo rivoluzionario anche gli Scolopi dovettero andarsene (1797): la chiesa, spogliata di ogni opera d’arte, venne chiusa e le strutture adiacenti furono adibite ad abitazioni private.
Il patrimonio artistico andò disperso; nella chiesa di Santa Margherita a Marassi si conserva una tela con la Decollazione di San Giovanni Battista, attribuita a Domenico Fiasella, già ancona della tribuna dell’altar maggiore di San Giovanni.
Il complesso di Paverano cadde inesorabilmente in rovina: della chiesa rimasero in piedi una parte della facciata, la zona absidale e la navata destra, mentre di quelle centrale e sinistra emergevano i muri di pochi metri. Nel 1827 la proprietà fu acquistata all’asta dal Comune di Genova con l’intenzione di farne un ricovero per poveri e mendicanti, ma soltanto nel 1842 si costituì un sodalizio per la raccolta dei fondi necessari all’impresa.
I lavori terminarono nel giugno 1853 e poche settimane dopo il re Vittorio Emanuele II, di ritorno dal soggiorno estivo a La Spezia, visitava il neo istituto, la cui popolarità ben presto crebbe al punto che si diffuse la locuzione dialettale “andà in PaviànN, ossia cadere in miseria.
Inizialmente i ricoverati erano una settantina, ma il numero crebbe rapidamente, tanto che la struttura divenne insufficiente ad accoglierli e nel 1910 il Comune decise di trasferire il ricovero di mendicità nella nuova sede della Doria. Fu nel 1911 che il complesso di Paverano divenne sede della Clinica delle Malattie Nervose e Mentali diretta dal Professori Enrico Morselli. Tra i suoi migliori allievi vi fu il Professor Domenico Isola (1884-1962), la cui figura fu determinante nell’unire il pensiero scientifico, interpretato dal Morselli, alla cultura dell’assistenza e della carità, portata da San Luigi Orione.
Il 10 agosto 1933 il complesso di Paverano passò infatti all’Opera di Don Orione che vi instaurò il Piccolo Cottolengo genovese.
Il Professor Isola fu scelto dal Santo quale direttore sanitario nel dicembre del ‘33.
Durante l’ultimo conflitto mondiale, tra il 6 e il 7 novembre 1943, la chiesa venne gravemente danneggiata e in seguito ricostruita. Quest’ultimo intervento, unito alle vicissitudini storiche degli anni precedenti, causò la perdita dell’originario aspetto medievale della struttura, aspetto che in parte è stato recuperato grazie al restauro del 2003.